Khi nào enzyme được dùng ở dạng tự do, cố định hay trong tế bào?

Các chế phẩm enzyme tự do được dùng phổ biến trong công nghiệp, nông nghiệp và đời sống. Loại chế phẩm này đặc biệt hữu hiệu đối với các cơ chất không tan như cellulose của rơm rạ, trấu, mùn cưa; tinh bột của các loại ngũ cốc; các phế phẩm, phụ phẩm dạng rắn trong công nghiệp chế biến (đầu vỏ tôm, cá, cua, bã sắn,...). 

Enzyme cố định hoạt động hiệu qủa đối với các cơ chất hòa tan trong dung dịch, các cơ chất đó có thể di chuyển và tiếp xúc enzyme một cách dễ dàng. Ví dụ: Penicillin acylase được cố định trên các sợi cellulose acetate hoặc trong các hạt polyacrylamide đề sản xuất 6-aminopenicillanic acid (6-APA). Glucose isomerase được có định trên DEAE-cellulose để sản xuất syrup HFCS (hỗn hợp của glucose và fructose). Bên cạnh đó, enzyme cố định cũng được dùng trong các que thử nhanh, trong các cảm biến sinh học (biosersor). Ví dụ: Glucose dehydrogenase được cố định trên que thử đường huyết, Alcohol dehydrogenase được cố định trên các cảm biến thử nông độ cồn trong hơi thở,...

Phức hệ enzyme trong tế bào vi khuẩn Serratia marcescens đã được sử dụng để chuyển hóa dầu thực vật thành biodiesel.