Một trong những phương pháp để phục hồi hệ sinh thái là đưa vào các hệ sinh thái đang bị ảnh hưởng của các yếu tố gây hại (như kim loại nặng, chất thải,...) hoặc đang bị suy thoái các loài sinh vật cần thiết như:...

 - Các loài vi khuẩn, thực vật, nấm có khả năng thích nghi với môi trường bị ô nhiễm:

 + Cơ sở khoa học: Các loài vi khuẩn, thực vật, và nấm có khả năng sóng sót hoặc loại bỏ các chất độc hại từ môi trường, giúp làm sạch và tái tạo môi trường bị ô nhiễm.

 + Tác dụng: phục hồi môi trường, tái tạo đất, trở thành quần xã tiên phong cho diễn thế sinh thái diễn ra.

 - Các loài vi khuẩn có khả năng cố định nitrogen:

 + Cơ sở khoa học: Các loài vi khuẩn cố định nitrogen từ không khí vào đất, giúp cung cấp nguồn dinh dưỡng cần thiết cho sự phát triển của sinh vật, cải thiện năng suất và khả năng phục hồi của môi trường.

 + Tác dụng: phục hồi môi trường, tái tạo đất, giúp sinh vật phát triển nhanh.